Der Krieg machte auch vor der Schule nicht halt und am Karsamstag, den 31.3.1945 wurde unser Schulhaus von einer Bombe getroffen. Dach, Stiegenhaus, Fenster und Türen waren zertrümmert oder schwer in Mitleidenschaft gezogen.
Von März 1945 bis Anfang Oktober diente der 1. Stock des Schulhauses als Eisenbahnerkaserne, während im Parterre das Ernährungs- und Wirtschaftsamt in der Kriegszeit und darüber hinaus noch bis zum März 1946 in einigen Klassen seine Amtsräume hatte. Auch der Turnsaal diente nach Kriegsschluss als Unterkunft.
Am 17. September 1945 wurde in Linz für 10 Volksschulen und 5 Hauptschulen der Schulbetrieb wieder aufgenommen. Dies galt aber nicht für unsere Schule. Die Instandsetzung des Gebäudes machte nur langsame Fortschritte.